Соединенная с морем узким проливом Железные ворота, мощно вдается в территорию Б. Соловецкого острова с востока. Ее площадь составляет 12,8 кв. км, глубина местами достигает 150 м. В Долгой губе, особенно в южной ее части, много островков (всего их 42), которые являются местом массового гнездования водоплавающей птицы, особенно много здесь гаг. В водах Долгой губы, которую Н. Книпович назвал «одним из зоогеографических курьезов», обитают различные виды моллюсков, губок, медуз; виды, характерные для высоких арктических морей, соседствуют здесь с видами, характерными для более южных морских районов.